Caso você já não saiba, segue uma lista de programas que pode utilizar para executar comandos em servidores rodando linux, bem como em sua máquina local caso ela seja linux, como por exemplo ubuntu que se tornou na atualizade a distribuição mais famosa para o usuário final.

Windows

A melhor opção (na minha opinião) opinião é o Putty. Você pode acessar a página oficial com todos os links para download do Putty e fazer download do putty.exe mais recente.

Executar bash DENDRO de windows

Há uma opção por executar comandos bash dentro de windows. Para isto, você deve instar o Cygwin, que, excessão feita ao Windows CE, todas as tem alguma versão compatível para download e uso. Com ele é possivel rodar algumas aplicações nativas em linux dentro dos sistemas proprietários da Microsoft, ainda que tenha uma série de pre-requisitos adicionais.

Linux

Basicamente falando, qualquer terminal de comando que você utilizar serve como terminal para executar bash. Não existe uma (grande) necessidade real de instalar algo adicional.

Importante! A maquina deve estar preparada para permitir execução bash

Muito importante e realmente determinante em proseguir ou não. Caso queira executar um comando remoto, seu servidor deve permitir acesso SSH, Eu pessoalmente não aceito hospedagems para meus sites que não ofereçam esse tipo de acesso, e, não raro cobro mais claro se um cliente tem um host que não oferece esse tipo de comando. Mesmo que tenha lá sua interface administrativa comum de se ver por ai, no caso o CPANEL. Contate seu host e peça informação de como pode fazer para ter acesso SSH a máquina remota ou quando for escolher um servidor faça questão de pedir explicitamente a opção de acesso.

Lista comparativa de clientes SSH

Visite a wikipedia para ter acesso a lista comparativa de clientes SSH (inglês).

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